É certo, porém, que S. Pedro pregou Roma, exercendo a plenitude dos poderes apostólicos, e ali sofreu o martírio, provavelmente crucificado de cabeça para baixo no ano de 67. Esta tese está bem documentada pela tradição, como se depreende pelos seguintes testemunhos: Em I Pd 5,13, o autor (S. Pedro) fala nome dos cristãos da Babilônia, onde reside.
Ora Babilônia é a Roma pagã do séc. 1 d.C. (cf. Ap 18,2s). S. Clemente de Roma, por volta de 96, – (Clemente é tido como o terceiro papa na Cátedra de Roma – ( papa e mártir) cfe narra Sto Irineu 180 Dc. Clemente, sua carta aos Coríntios, refere-se a Pedro e Paulo, que lutaram até a morte e deram testemunho diante dos poderosos; supõe que ambos tenham morrido Roma.
S. lnácio de Antioquia (falecido 107) escreve aos romanos nestes termos: “Eu não vos ordeno como Pedro e Paulo”. Visto que não existe carta de Pedro aos romanos, admite-se o relacionamento oral de Pedro com a comunidade.
Clemente de Alexandria (falecido 215) narra que S. Marcos – intérprete de Pedro, redigiu por escrito a pregação de Pedro a pedido de seus ouvintes romanos (cf. Eusébio, História Eclesiástica 11 15; VI 14). S. lrineu de Lião, por volta de 180-190, atribui a fundação da comunidade de Roma aos apóstolos Pedro e Paulo e apresenta um catálogo dos bispos de Roma desde Pedro até sua época (Contra as heresias 11 3,2.3).
Em conseqüência, afirma que, para guardar a autêntica tradição apostólica, é preciso concordar com a doutrina da Igreja de Roma. O presbítero romano Gaio, por cerca de 200, atesta que, ainda nos seus tempos, se podiam mostrar Roma os troféus (tropaia), isto é, os túmulos dos dois apóstolos – o de Pedro na colina do Vaticano , e o de Paulo na Via Ostiense (Eusébio, 11 25).
As escavações realizadas debaixo da basílica de S. Pedro confirmaram, nosso século, tal tradição. Com efeito: verificou-se que a Basílica foi construída pelo imperador Constantino 324 por cima de um cemitério e sobre um terreno que corria declínio, de 11 metros de altura de Norte a Sul; isto exigiu a colocação de uma laje sustentada por pilastras de 5m , 7m e 9 metros de altura, a fim de se estabelecerem sobre tal laje os fundamentos do edifício.
Ora uma construção tais condições só pode ser explicada pelo fato de que Constantino e os cristãos tinham a certeza de estar construindo sobre o túmulo de São Pedro.
Ademais os arqueólogos encontraram na camada mais profunda das escavações ossos de quase metade de um indivíduo só, robusto, de uns 60-70 anos de idade, muito mais provavelmente homem do que mulher, inscrições grafito postas nas proximidades rezavam: “Pedro está aqui” ou “Salve, Apóstolo” ou “Cristo Pedro.
Em 258 o Imperador Valeriano, perseguindo os cristãos, proibiu que estes se reunissem nos seus cemitérios dentro da cidade de Roma para celebrar a memória dos mártires. Em conseqüência, os cristãos levaram as relíquias de São Pedro para as catacumbas de São Sebastião na Via Ápia, e, uma vez passada a era das perseguições, as trouxeram de volta ao Vaticano.